，以海军“通济”、“大同”、“自强”、“德胜”等8艘军舰和20艘民用舰船实施自沉，又征用“公平”、“万宰”、“泳吉”等3艘民轮沉入江中，从而构筑封锁线。

    同时，海军部又从江苏、浙江等省紧急征用民用船只185艘，满载石子沉入封锁线的缺口中，完成了江阴江面的封锁。这样，自8月13日战争开始的时候，国府海军主力几乎全在江阴封锁线布防，以成“拱卫京畿”之势。

    由于江阴构筑了封锁线，再加上长江两岸强大的火力，日军兵舰无法沿江上溯，只好频繁出动海军舰载机和陆基航空兵实施轰炸。海军部队第1舰队司令陈季良率领海军主力“宁海”、“平海”、“逸仙”等8艘主力舰在沉船封锁线后方布防，第2舰队的小型舰艇部署其后，形成迎敌之势。

    8月16、19日，中日双方在江阴江面初次接战，22日下午，日军又以战机12架分为两个编队对江阴要塞与电雷学校实施轰炸，此后一段时间内，日军虽然停止了对江阴地区的正面空袭，但并没有放弃对江阴要塞的窥探。僵持至9月23日，中日双方海军展开最终决战。

    日本海军以军舰十余艘向江阴进逼，并出动4个编队共50余架飞机对中国海军舰队进行轮番轰炸。“宁海”舰多处受创进水，最后舰身严重倾斜，船上官兵死伤过半，不得不搁浅在长江北岸；旗舰“平海”号亦遭到日机的轮番轰炸和扫射，于25日清晨，沉入长江；而“逸仙”舰也在25日这天因舰身被击中多处，舱内大量进水，而沉没江中。

    在遭到敌机空袭而失去大多数主力军舰以后，海军部长陈绍宽下令自沉“海圻”、“海容”、“海筹”、“海琛”等年久失修、缺乏防空火力的兵舰，以进一步堵塞江阴航道。这样一来，由于中国海军部队的第1舰队、第2舰队在中日海军大战中几乎悉数被击沉，江阴要塞便基本成了以炮台为支撑力量的沿江防御要点，而不得不暴露在日本海军及陆军的夹攻之下。

    但是对于日军来说，中国海军主力虽然被歼，但江阴堵塞线及江阴炮台却依然牢牢挡在沿江而上进攻南京的海军舰队面前。要想打开长江航道、清除堵塞线，首先必须攻取江阴要塞，摧毁江阴的要塞炮兵。要塞区布设炮100余门，要塞工事构筑由军政部城市组设计和指导施工，构筑成永久性工事，要想夺得此咽喉之地，对于日军来说也并非易事，也因此，除了以第16师团、重藤支队沿陆路进逼之外，日军海军还出动以浅水炮舰为主力的“扬子江舰队”配合作战，沿长江而上进犯要塞区。

    自22日晨起，日本海军利用浅水炮舰吃水浅、可以在沉船封锁区活动的优势，开始对狼山、福山实施猛烈炮击，其用意显然是想破坏江阴方面的封锁线。而中国军队则一边开始在镇江构筑坚固工事，一边在江阴江面布置第二道封锁线。而也就在这一天宋希濂之第78军撤退到了南京，开始入列南京卫戍军的战斗序列。

    实际编成只有第36师的第78军是11月18日在无锡归入第三战区总预备队序列的，但旋即宋希濂便接到总预备队指挥官兼第17军团长胡宗南的面授命令：“贵军着即开赴南京集结待命。”在进抵南京之后，宋希濂将部队集结在南京麒麟门附近，并奉南京卫戍司令长官唐生智的《卫参字第三号训令》将主力置于汤山附近，担任观山至超真观一线的警戒，并于警戒地境内指导民夫构筑复廓工事。

    由于南京卫戍司令长官部的底子是军事委员会警卫执行部，故而实际上部署南京保卫战的高级幕僚都是原警卫执行部的军官。譬如早在11月9日晚，当时还是执行部主任的唐生智便听取了现任南京卫戍司令长官部参谋处第一科科长谭道平的关于前线情况的汇报。

    而当时谭道平是在军事委员会警卫执行部工作的，其主要是整理战